La historia de una nueva rama evolutiva de la raza humana: Diclonius, seres similares a los humanos pero distintos a nivel genético que presentan algunas anormalidades físicas como un par de protuberancias cortas similares a cuernos. Lucy, la protagonista, es un Diclonius. Tras escapar de un laboratorio de experimentación sembrando el caos a su paso es herida y adquiere,una personalidad secundaria e infantil, conocida como Nyu. Es encontrada entonces por los jovenes Kohta y Yuka quienes la acogen pero se ven envueltos en brutales intentos de recuperación de Lucy por parte del Equipo Especial de Asalto y por otros Diclonius asesinos.